第二章“职责分工”规定中央生态环境保护督察工作领导小组、中央生态环境保护督察办公室、省级党委和政府、中央和国家机关有关部门在督察整改中的职责。《办法》规定，中央生态环境保护督察工作领导小组负责统筹指导，中央生态环境保护督察办公室负责调度督促；中央和国家机关有关部门各司其责，推动问题解决。省级生态环境保护督察将中央生态环境保护督察反馈问题整改情况作为重要内容。